草橋清真寺

 　　位于南京市原草橋瑰，以此得名，始建于清乾隆年間(1736年-1795年)。太平天國時毀于兵火。同治初年募捐重建。該寺曾于民國初年創辦敦穆小學，首任校長為易于芳。寺在“文革”時一度被工廠占用，收回后，因壞損嚴重，又曾暫租給南京木器廠使用，現已恢復。大殿5間，為古典民殿式，南北講經堂6間、凈水堂3間，附屬房屋2間，均為平房。該寺地處回民聚居區七家灣，教民人數之多為各寺之首。

　　凈覺寺

 　　凈覺寺位于南京三山街口西北角的凈覺寺。始建于明洪武二十一年(1368)，是南京最早的一座清真寺。由回族著名航海家鄭和奏請敕建。弘治年間作了修葺，嘉靖年間世宗皇帝賜禮拜寺以“凈覺寺”的碑額，從此稱為凈覺寺。

 　　現存建筑有院落四進，有望月樓、正殿、后殿、阿訇齋及南北講堂等。禮拜堂后有高墻一座，相傳為明代所建，為南京寺廟中最高的墻壁。明清以來，劉智、王岱輿、伍遵契等對中國伊斯蘭教起過重大影響的學者都在此進行著書立說等學術活動。如今，凈覺寺仍是南京穆斯林們進行伊斯蘭教活動的地方。

　　吉兆營清真寺

 　　吉兆營清真寺原名吉兆營禮拜寺，原位于玄武區吉兆營43號。吉兆營禮拜寺始建于清代中葉，約在公元1770年(清乾隆三十五年)前后。太平天國年間，該寺被戰火焚毀。民國年間，由回族知名人士捐資重建。

 　　作為南京城北地區唯一一座伊斯蘭教活動場所，老的吉兆營清真寺破敗，規模較小，因此拆遷重建。新的吉兆營清真寺2014年6月5日重建落成。

　　太平南路清真寺

 　　舊稱花牌樓清真寺，始建于明代，太平天國時毀于戰亂，后重建。因地鐵3號線建設，該寺拆除并在原址附近不遠復建。這處老清真寺是太平南路的縮影，該區域曾是南京歷史上最繁華的地段之一。